Η Εταιρεία ιδρύθηκε για πρώτη φορά στις 13 Σεπτεμβρίου 1932 με την επωνυμία: «Ελληνική Μικροβιολογική και Υγιεινολογική Ένωσις». Μετά από δύο τροποποιήσεις του καταστατικού, το 1936 και το 1947, στην τρίτη τροποποίηση στις 18 Ιουλίου 1972 φαίνεται με την επωνυμία «Ελληνική Μικροβιολογική Εταιρεία».